《马藏》编纂力求全面系统地搜集原始文献，完整呈现文献内容。原始文献的搜集和整理是这项工程的开端，是编纂和研究的基础和关键。只有以原始文献为依据进行学术考证和研究，才能体现尊重历史、求真拓新，也才有了下一步系统编排、科学阐释的依据。
马克思主义在中国的早期传播时间段跨越晚清到民国。从出版史、书史、版本学以及图书印刷史来看，有线装书也有洋装书，有铅印本也有极少的刻本，出版地点有国内也有国外。这个时间段的纪年方式也比较复杂，传教士翻译作品使用西历，中国大陆发行的著作使用同治、光绪或者宣统纪年，日本印刷的文献使用明治纪年，激进的无政府主义者用干支纪年，黄帝纪年的方式也偶尔被使用。编纂者需要从浩如烟海的晚清民国文献中查找与马克思主义在中国传播有关的书刊并编制目录，从海内外各大文献收藏机构找到原始底本，并按照一定的规律性，根据文本内容和版本情况选择哪个文本作为最后收入《马藏》的原始底本等。
现已出版的译著中，有的为找到原始底本经历了周折的过程。例如，1982年《历史研究》中《〈社会主义神髓〉的最早中译本》一文中介绍说，《社会主义神髓》1903年由达识译社翻译，浙江潮编辑所发行。既然是浙江潮发行，或许与当年浙江籍留学生有关。文献的搜集工作针对浙江图书馆进行，最后获得了原文底本。而针对1907年的蜀魂译本《社会主义神髓》，团队成员给日本京都大学著名的中国近代史学者狭间直树写了邮件请教，很快收到回信说日本长野县立图书馆有收藏。经询问，该馆答复说国外读者获得文献手续复杂，便又请了日本朋友帮助而终于获得。1907年出版的《社会主义神髓》创生译本在中国社会科学院近代史所的图书馆被找到，加上北大图书馆收藏的《东方杂志》连载的高劳译本，《社会主义神髓》在1917年以前的4个中文译本全部收齐。《马藏》这次把4个译本都编入第一部第四卷，用文献再呈现的形式还原了马克思主义借道日本传入中国的图景。
通过不同版本的比较梳理，最后确定收入哪个版本也是工作中的重要一环。一般规律是，同一个文本的再版或者修订版都会比第一版更完整、准确，而晚清民国期间的文献并非都如此。《马藏》文本收集中就遇到了这种情况。幸德秋水著、赵必振翻译的《二十世纪之怪物帝国主义》在编校时与日文原书对比，发现中文译本少了内村鉴三的序言。序言对理解一部著作有非常重要的意义，为此，编校者不仅做了自己的解读，并按照审读专家的意见，决定把日文序言翻译后以附录形式放入《马藏》中，以完整呈现当年的日文著作。
文献是学术和思想的载体，《马藏》以翔实的文献为基础进行研究和编纂，向世人展示近代以来中国人民是如何执着地传播和研究马克思主义，历史地选择马克思主义和社会主义的。编纂《马藏》，无论是对中国马克思主义发展史研究，还是对中国近现代思想文化史研究，都有非常重要的意义。
