城市出版社普遍存在的问题是：体制机制不够灵活，经营模式不能完全适应市场经济发展要求；人才结构不合理，“年龄老化、能力弱化、作用虚化”现象一定程度上限制了企业发展；产业业态单一，囿于传统媒体行业，主要产品市场认同度低，社会效益不高。
随着5G、大数据、人工智能等新一代信息技术迅速发展，出版产业面对着完全不同于以往的读者群体和市场环境，转型升级迫在眉睫。
城市出版社大多不具备规模优势，也没有强势的教育资源作为支撑，更没有深厚的出版资源积淀。正如孙凤文谈到，城市出版社不仅要面对市场变化，还要面对老牌出版机构、民营策划机构的激烈竞争；大多数城市出版社转企改制后，不再占有教辅教材等优势资源，原有的优势反变为劣势，再也没有捷径可走；整个出版业虽然有了融合发展理念，却并没有成熟的路径方法可借鉴，只能摸着石头过河。
海天出版社执行副总编辑张绪华谈到，该社的劣势也比较明显：一是深圳出版从业人员较少、待遇不高，加上深圳生活成本高，很难吸引优秀出版人才；二是受品牌影响力、营销渠道、策划能力、编辑加工能力等因素影响，在与大社名社争抢名家出版资源时处于下风；在普通作者的作品出版上，又没有民营策划公司灵活的竞争手段。
沈阳出版社总编辑闫志宏坦言，在电子商务、新业态、新技术的冲击下，他们面临“两有两缺”的局面：有项目有高原、缺扶持缺高峰，“存在选题站位有待提高、原创精品项目储备不足、出版结构有待优化、出版新业态探索有待加强、领军人才短缺等问题。”
柳宗慧在谈到城市出版社的发展困境时提及，城市出版社既有地域优势，又受地域所限，广州出版社的出版资源多局限于岭南地区，很难开拓出在全国产生影响力的规模产品。为了突破地域限制，2018年起，该社筹划成立北京出版中心，旨在聚拢北京优势的出版资源、高端作者资源，出版精品图书，提升广州出版社的社会认知度与影响力，不断扩大出版社的社会效益与经济效益。
