各种新型信息技术快速发展与普及，对企业信息化建设形成了巨大的挑战：海量存储、按需计算的云计算模式冲击着传统的数据中心建设；以智能终端、移动互联、物联网为代表的移动化风潮也不断冲击并扭转了信息系统建设的思路与方向；而以大量的、多样化、快速化为特征的大数据，因其蕴藏的高附加值，也引起了人们的高度重视；同时，平台系统的迭代持续性、建设周期时长、信息技术人才的缺乏等都给企业信息化建设带来了极大的挑战。
张宏鑫认为，信息化建设要不断适应业务的变化和发展的需求，由于业务的发展对信息化建设提出了新需求，也给信息化建设带来了机遇、挑战与压力。
杨望平指出，随着企业信息化的发展，信息系统越来越庞大复杂，已经给建设运行模式提出了严峻的挑战：企业自身的信息化队伍日益紧缺，安全稳定运行的压力与风险日增，以及随着技术发展，新技术的介入，在分期建设过程中，各系统间的衔接难度大。
邹健表示，目前新华文轩的信息化建设正面临着三方面的挑战：一是如何从传统的“瀑布式开发”向基于面向服务的敏捷开发模式的转变；二是进一步加强企业应用集成，建立联接内外部的良好服务体系，彻底消除内部信息孤岛；三是不断加强网络安全、应用安全和数据安全，促进信息化健康发展，消除发生重大信息安全的隐患。
在靳力英看来，随着新技术更新迭代越来越快，网络与信息系统安全要求越来越高，涉及范围越来越广，为紧跟技术发展形势，适应数字化转型的要求，企业的信息化建设任务越来越多，一方面面临建设资金投入不足的困境，需要国家和当地政府加大对新技术在行业应用的资金支持，另一方面企业缺乏信息技术水平较高的专业复合性人才，需要持续引进或培养。
