新闻出版机构建智库，为行业发展作出较大贡献，但这不意味着出版业智库构建不存在难点，重理论而轻实操、资金支持度不够、建言献策价值未充分发挥、人才相对匮乏等都是新闻出版业智库面对的现实问题。这些问题并非新闻出版智库存在的全部问题，尽管一时也难以找到立竿见影的解决办法，但将其呈现出来并进行探讨还是很有必要的。
问题1 建言献策价值未充分发挥
智库是思想库，是政府、企业的智慧团体，其宗旨无疑是为政府、企业提供发展的决策。当前各类新闻出版机构的智库建设热情高涨，但总体上呈现出参与出版领域的决策程度还不够深入，建言献策的功能未充分发挥出来。
科学出版社专业出版数字业务部常务副主任唐亮指出，各类出版机构的智库建设很火热，却研究多应用少，成果多转化少，智库的决策支持功能尚未充分发挥，究其原因还是没有抓住以问题为导向这个牛鼻子，人才储备、资源集中度等方面的支撑力度还不够。也有业内人士表示，出版行业智库研究能力不足、成果的针对性弱，宏观性、战略性、引领性等方面的研究少，导致了出版界智库建言献策、咨政议政价值比较弱。
民间智库，包括出版行业的智库，在对国家政策进行建言献策上由于缺少与高层的互动，研究信息不通畅，研究成果很难与高层决策者思路和想法契合，削弱了其对国家宏观政策上的建言献策功能。要处理好与政府的关系，一方面，智库要同政府密切合作，建立畅通的信息获取和成果发送渠道，才能有效地影响知识产权政策的制定。另一方面，智库又必须不依赖政府，独立自主地开展研究，才能保证研究成果的客观、中立，才能建立良好的智库口碑，走上良性循环的发展轨道。
专家是整个出版业智库建设的核心和龙头，是智库建设的重中之重，负责申报课题、实施活动、撰写报告。当前，出版机构在智库人才建设上的局限，影响了其建言献策能力。建有自己的智库，但并不能充分发挥智库建言献策的作用，这无疑会令出版业智库处于名不副实的尴尬境地。
问题2实操性不强
出版业的智库同其他行业的智库一样，都是为发展献智献策，但如果只是重视理论的研究而忽视了它的实际操作性，那么就会背离智库成立的初衷。当前出版行业尤其是高校出版智库有重理论而轻操作的现象。
中南传媒产业研究院院长、出版融合国家重点实验室（中南传媒）主任苏建科表示，高等院校出版传媒院构建出版智库的虽然很多，但缺乏实践经验。出版业是一个实操性很强的行业，没有出版实践很难为行业提供真实有价值的东西。中国青年智库论坛执行秘书长庄庸则指出，现在出版业智库及其思想产品的独特性越来越稀缺，几乎没有研判大势、预判趋势、分析形势的智库，很少有结果、成果和效果可以进行“转场升维”式的商业化运作。
有些出版机构智库拿出的策略理论往往是针对一个具体项目的研究，对其他领域应用性不强，缺乏可操作性。佛山日报传媒智库在传媒智库的研究中发现，一些新闻出版智库所从事的课题研究，往往是某个具体领域具体向度的调研或研究，一个课题结束后，虽然掌握了大量该领域的知识、数据、信息，但如果不遇到同类型客户，这些相关资源就无法激活。
问题3财力资源成发展难点
资金支持是出版智库运营一个非常重要的问题，出版社自有资金投资有限，且变现困难，持续性投资几乎不太可能。如果出版智库没有足够的运作资金支持，有可能会导致该智库与学者和专家的关系逐渐边缘化，从而降低或减缓学术研究成果的专业度和产出速度，最终只能变成一个“名存实亡”的组织。
庄庸直言，智库思想产品“同质化”严重。很多智库报告，像是同一个专家团队，换一个马甲，在不同的智库平台发布。出版机构的智库建设要注意自身品牌的打造，有效实现智库对政策制定的影响力，这是智库成功的关键。
